Μετά την απελευθέρωση των Ιωαννίνων ( 21η Φεβρουαρίου του 1913)κατά την διάρκεια των Α’ Βαλκανικών Πολέμων ,ο Ελληνικός στρατός προελαύνει απελευθερώνοντας και τα υπόλοιπα τμήματα της Ηπείρου Αργυρόκαστρο, Άγιοι Σαράντα, Δέλβινο , Κορυτσά. Η Χειμάρρα ήταν ήδη υπό ελληνικό έλεγχο από τις 5 Νοεμβρίου 1912, όταν ο Χειμαρριώτης Σπύρος Σπυρομήλιος αποβιβάστηκε και απελευθέρωσε την περιοχή. Οι ελληνικές ένοπλες δυνάμεις ήλεγχαν την περιοχή που μετέπειτα ονομάστηκε Βόρεια Ήπειρος, φτάνοντας την γραμμή Κεραύνιων Ορέων δυτικά, ως την λίμνη Πρέσπα ανατολικά..

Το ίδιο διάστημα, στις 28 Νοεμβρίου, στην Αυλώνα, ανακηρύχθηκε από τους Αλβανούς η ανεξαρτησία της Αλβανίας. Η Βόρεια Ήπειρος παραμένει στους κόλπους της μητέρας Ελλάδας για περίπου ένα χρόνο εώς ότου έρθει το Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας(1914). Το Πρωτόκολλο της Φλωρεντίας (1914) που συνομολογήθηκε και υπογράφτηκε στις 13 Φεβρουαρίου του 1914 από τις Μεγάλες Δυνάμεις στη Φλωρεντία της Ιταλίας, εξ ου και η ονομασία του, αποτελούσε στην πραγματικότητα διακοίνωση των αποφάσεων των Μεγάλων Δυνάμεων προς την Ελληνική Κυβέρνηση για τη χάραξη των Αλβανικών συνόρων. Σύμφωνα με αυτές τις αποφάσεις το Αργυρόκαστρο, το Βουθρωτό, το Δέλβινο, η Κορυτσά, η Χειμάρα, οι Άγιοι Σαράντα και η νήσος Σάσων παραχωρούνται στην Αλβανία(νεοσύστατη Ηγεμονία). Παράλληλα η Ελλάδα καλείται να εκκενώσει τα εδάφη αυτά της Βόρειας Ηπείρου τα οποία είχε καταλάβει ο ελληνικός στρατός. Η Ελλάδα αναγκάζετε από τις Μεγάλες Δυνάμεις να υποχωρήσει στις εδαφικές της διεκδικήσεις στην περιοχή της Βορείου Ηπείρου. Ο ελληνικός στρατός υποχρεώθηκε να εγκαταλείψει τη Βόρειο Ήπειρο τον επόμενο Μάρτιο και να δεσμευτεί ότι δεν θα αφήσει όπλα στους Βορειοηπειρώτες ούτε θα υποκινήσει επαναστατική αντίδραση. Τους πανηγυρισμούς τώρα στη Βόρειο Ήπειρο διαδέχονταν τα μοιρολόγια και οι φωνές απόγνωσης, καθώς ο ελληνικός στρατός παρέδιδε τα χωριά και τις πόλεις στους Αλβανούς. Αλλά οι Βορειοηπειρώτες δεν θα παραιτούνταν έτσι εύκολα. Πριν ακόμη αποχωρήσει ο ελληνικός στρατός ξεκίνησαν τον δικό τους αγώνα για αυτονομία με ηγέτη τον Γεώργιο Ζωγράφο.

Στις 13 Φεβρουαρίου 1914, η Πανηπειρωτική Συνέλευση , αποφάσισε ότι εφόσον δεν επιτεύχθηκε η ένωση με την Ελλάδα, η μόνη λύση θα ήταν μια τοπική αυτονομία. Ο εώργιος Χρηστάκης-Ζωγράφος, (πρώην υπουργός εξωτερικών της Ελλάδας με καταγωγή από το Κεστοράτι Αργυροκάστρου) ανακήρυξε την «Αυτόνομη Δημοκρατία της Βορείου Ηπείρου» στο Αργυρόκαστρο, στις 17 Φεβρουαρίου. Ο Ζωγράφος κοινοποίησε στην Διεθνή Επιτροπή Ελέγχου, τον διορισμό του ως πρόεδρο της προσωρινής κυβέρνησης της Αυτόνομης Ηπείρου και δήλωσε ότι οι Βορειοηπειρώτες θα αμύνονταν με τα όπλα σε κάθε προσπάθεια της αλβανικής χωροφυλακής να περάσει τα σύνορά τους. Στο αυτόνομο αυτό κράτος εκτός από το Αργυρόκαστρο, συμπεριλαμβάνονταν ηΧειμάρρα, το Δέλβινο, η Πρεμετή, οι Άγιοι Σαράντα, η Ερσέκα.

Στις 1 Μαρτίου 1914, ο Συνταγματάρχης Κοντούλης, κατόπιν εντολής παραδίδει την Κορυτσά, την Μοσχόπολη και λίγες μέρες αργότερα το Λεσκοβίκι, στην νεοσυσταθείσα αλβανική χωροφυλακή. Επακολούθησαν σοβαρές ταραχές και ένοπλες συγκρούσεις, μεταξύ αλβανικών και βορειοηπειρωτικών δυνάμεων, οι οποίες γενικεύτηκαν σε πολλές περιοχές. Οι Βορειοηπειρώτες, οργανώνονται σε τοπικές ένοπλες ομάδες, με την ονομασία «Ιεροί Λόχοι» . Η εξέγερση στην Βόρειο Ήπειρο δεν προέρχονταν ούτε υποστηρίζονταν από την ελληνική κυβέρνηση, συναισθηματικά μόνο συμπαραστέκονταν στους Βορειοηπειρώτες. Μόνοι συμπαραστάτες τους στάθηκαν εθελοντές από την Ελλάδα και την Κύπρο, ακόμη και ομογενείς του εξωτερικού . Από τον Φεβρουάριο του 1914 και μέσα σε τρεις μήνες οι εξεγερμένοι είχαν ελευθερώσει όλη σχεδόν τη Βόρειο Ήπειρο (Αργυρόκαστρο, Χιμάρα, Δέλβινο, Αγίους Σαράντα, Πρεμετή, Ερσέκα, Φράσαρι, Κορυτσά).

Οι ραγδαίες αυτές εξελίξεις έκαναν την αλβανική πλευρά να ζητήσει εσπευσμένα τη διαμεσολάβηση των Ευρωπαίων και της Διεθνούς Επιτροπής Εθνολογικού Ελέγχου. Η παρέμβασή τους οδήγησε στο Πρωτόκολλο της Κέρκυρας (17 Μαΐου 1914), το οποίο συνυπέγραψαν οι αντιπροσωπίες των Βορειοηπειρωτών και των Αλβανών. Το Πρωτόκολλο αναγνώριζε την ελληνικότητα της Βορείου Ηπείρου, όριζε να ονομάζονται οι κάτοικοί της Ηπειρώτες και όχι Αλβανοί και κατοχύρωνε εκπαιδευτική, διοικητική, δικαστική και θρησκευτική αυτονομία.

Το πρωτόκολλο της Κέρκυρας αν και ενεργό (καθώς δεν έχει υπογραφεί άλλη συνθήκη που να το ακυρώνει) παραμένει εώς σήμερα ,101 χρόνια μετά την υπογραφή του ανεφάρμοστο